identifikasi farmakofor
Farmakofor merupakan deskripsi abstrak dari fitur
molekul yang penting untuk rekognisi molekul ligan berdasarkan fungsi makromolekul biologisnya.
Menurut (IUPAC), framakofor merupakan ensembel fitur sterik
dan elektronik yang diperlukan untuk memastikan interaksi supramolekul interaksi yang optimal dengan struktur
biologis target yang spesifik dan untuk memicu atau memblok respon biologisnya. Farmakofor tidak merepresentasikan kondisi
nyata molekul atau asosiasi gugus fungsional secara nyata,
namun merupakan konsep abstrak yang berhubungan dengan kapasitas interaksi
molekuler secara umum dari kelompok senyawa berkaitan dengan struktur
targetnya. Farmakofor dapat didefinisikan sebagai denominator umum terbesar
yang ditunjukan oleh set molekul yang aktif. Definisi ini menghilangkan
kesalahan yang sering ditemukan pada literatur kimia medisinal yang mengandung
penamaan farmakofor fungsional kimia sederhana seperti guanidin, sulfonamida atau dihidromidazol (bentuk imidazolin), atau tipikal struktural skeleton seperti flavon, fenotiazin, prostaglandin atau steroid. Sebuah farmakofor didefinisikan sebagai susuanan 3D fitur yang sangat penting untuk molekul ligan untuk berinteraksi dengan reseptor target dalam situs pengikatan tertentu. Setelah diidentifikasi, farmakofor dapat berfungsi sebagai model penting untuk screening virtual, terutama dalam kasus dimana struktur 3D dari reseptor tidak diketahui dan teknik docking yang tidak berlaku
tujuan identifikasi farmakofor yaitu:
1. menentukan gugus yang terikat dengan site targetnya
2. mengetahui konformasi aktif
3. menetukan gugus 3 dimensi
4. sebagai merancang obat
5. merancang obat baru
ikatan hidrogen
Ikatan hidrogen terjadi ketika sebuah molekul memiliki atom N, O, atau F yang mempunyai pasangan elektron bebas (lone pair electron). Hidrogen dari molekul lain akan berinteraksi dengan pasangan elektron bebas ini membentuk suatu ikatan hidrogen dengan besar ikatan bervariasi mulai dari yang lemah (1-2 kJ mol−1) hingga tinggi (>155 kJ mol−1). Kekuatan ikatan hidrogen ini dipengaruhi oleh perbedaan elektronegativitas antara atom-atom dalam molekul tersebut. Semakin besar perbedaannya, semakin besar ikatan hidrogen yang terbentuk. Semakin besar ikatan hidrogennya, semakin tinggi titik didihnya.
ikatan van der waals
Ikatan van der walls adalah gaya tarik menarik antarmolekul (antar kutub) dalam senyawa yang berikatan kovalen. Gaya ini merupakan gaya antarmolekul yang sangat lemah Mencakup interaksi dipole – dipole (pada senyawa polar) dan interaksi dipole terimbas/terinduksi (pada senyawa polar dan non polar).
Ikatan ion merupakan sejenis interaksi elektrostatik antara dua atom yang memiliki perbedaan elektronegatifitas yang besar
Ikatan ion terjadi apabila :
– Ikatan antara unsur logam dan bukan unsur logam
– Terjadi jika atom unsur yang memiliki energi ionisasi kecil / rendah melepaskan elektron valensinya (membentuk kation) dan atom unsur lain yang mempunyai afinitas elektron besar menangkap elektron tersebut (membentuk anion)
– Unsur logam melepaskan elektron sedangkan unsur non logam menerima elektron
konformasi aktif
diadopsi dari suatu obat ketika brikatan dengan site target reseptornya. konformasi yang stabil adalah konformasi yang diharapkan.
struktur 2D
menetapkan kerangka sederhana molekul obat dimana kerangka itulah berperan dalam berikatan dengan reseptor. ex: morphin.
struktur 3D
mendefinisikan posisi relatif diruang kelompok pengikat penting
struktur 2D
menetapkan kerangka sederhana molekul obat dimana kerangka itulah berperan dalam berikatan dengan reseptor. ex: morphin.
struktur 3D
mendefinisikan posisi relatif diruang kelompok pengikat penting
masalah yang muncul
1. bagaimana cara mendesain obat baru
2. cara menetukan asam basa lewis
3.bagaimana cara mengidentifikasi farmakofor
4. contoh suiatunobat memiliki farmakofor yang sama dan efeknya
5. bagaimana cara menentukan konformasi aktif dari suatu obat
Menurut saya cara menentukan asam dan basa lewis sbb :
BalasHapusMenurut lewis :
Asam adalah suatu partikel yang dapat menerima pasangan elektron dari partikel lain untuk membentuk ikatan kovalen koordinasi (akseptor elektron)
Basa adalah suatu pertikel yang dapat memberikan pasangan elektron kepada partikel lain untuk membentuk ikatan kovalen koordinasi (donor elektron)
teori asam basa Lewis ini lebih luas lagi dari 2 teori asam basa sebelumnya, dapat digunakan walaupun zat-zat yang bersangkutan tidak dilarutkan dalam air maupun pelarut lain. Maksudnya, dalam bentuk padat, cair, maupun gas tetap teori asam basa ini dapat berlaku. Hal ini disebabkan oleh dasar dari teori ini adalah donor dan akseptor pasangan elektron. Jadi tinjauannya hanya pada
pasangan elektron ikatan itu milik siapa.
utk nmr 1 mnrt artikel yg saya baca
BalasHapusIdentifikasi farmakofor
· Menentukan posisi 3D obat dengan target
· Mengetahui gugus penting dapat terikat dengan reseptor
· Untuk mengetahui konformasi aktif dari molekul
· Penting sebagai dasar merancang obat
· Penting dalam hal menemukan obat baru
assalamualaikum meily saya akan menambahkan tujuan identifikasi farmakofor untuk menjelaskan struktur senyawa yang penting untuk pengikatan dengan reseptor dan menghasilkan farmakofor yang dapat digunakan untuk mengukur fitur struktur dari reseptor obat yang penting untuk aktivitas biologisnya dengan melihat aspek yangberperan terhadap proses pengikatanny
BalasHapusHy meily, saya mgkn hanya akan menamnahkan untuk menentukan konformasi aktif dr suatu obat kita harus tau bagian mana dr sisi struktur obat yg paling disukai oleh reseptornya sehingga akan memudahkan menentukan farmakofor suatu obat
BalasHapusHay meilly saya akan coba menjawab nmbr 1. Desain obat dapat dibagi menjadi 2 kategori, langsung dan tidak langsung. Pendekatan langsung (Direct Approach) menguntungkan dari segi pengetahuan tentang struktur atom dari reseptor obat dan memegang peranan penting dalam penelitian di bidang farmasi. Pendekatan tidak langsung (Indirect Approach) merupakan pendekatan yang diterapkan program penelitian kimia medicinal pada umumnya, dimana tidak ada informasi secara terstrukur tentang reseptor target. Kedua pendekatan tersebut meliputi optimalisasi suatu senyawa penuntun atau senyawa-senyawa hasil sintesis dari molekul baru
BalasHapusMetode komputasi memberikan dukungan yang sangat penting terhadap kedua pendekatan tersebut. Beberapa perangkat spesifik untuk desain obat secara langsung mencoba menghasilkan desain de novo untuk molekul-molekul dengan terhadap reseptor tertentu berdasarkan struktur reseptor tersebut. Perkembangan sekarang termasuk mencoba untuk membentuk molekul dengan suatu bagian yang aktif dan keberhasilan metode penelusuran data base 3D dari Desjarlanis dkk. Pendekatan-pendekatan yang paling berarti dalam lingkup desain obat secara tidak langsung didasarkan penggunaan metode statistic terhadap desain seri molekul-molekul untuk sintesis dan analisis HKSA dalam hal data yang berkaitan dengan obat.
Hay meilly saya akan coba menjawab nmbr 1. Desain obat dapat dibagi menjadi 2 kategori, langsung dan tidak langsung. Pendekatan langsung (Direct Approach) menguntungkan dari segi pengetahuan tentang struktur atom dari reseptor obat dan memegang peranan penting dalam penelitian di bidang farmasi. Pendekatan tidak langsung (Indirect Approach) merupakan pendekatan yang diterapkan program penelitian kimia medicinal pada umumnya, dimana tidak ada informasi secara terstrukur tentang reseptor target. Kedua pendekatan tersebut meliputi optimalisasi suatu senyawa penuntun atau senyawa-senyawa hasil sintesis dari molekul baru
BalasHapusMetode komputasi memberikan dukungan yang sangat penting terhadap kedua pendekatan tersebut. Beberapa perangkat spesifik untuk desain obat secara langsung mencoba menghasilkan desain de novo untuk molekul-molekul dengan terhadap reseptor tertentu berdasarkan struktur reseptor tersebut. Perkembangan sekarang termasuk mencoba untuk membentuk molekul dengan suatu bagian yang aktif dan keberhasilan metode penelusuran data base 3D dari Desjarlanis dkk. Pendekatan-pendekatan yang paling berarti dalam lingkup desain obat secara tidak langsung didasarkan penggunaan metode statistic terhadap desain seri molekul-molekul untuk sintesis dan analisis HKSA dalam hal data yang berkaitan dengan obat.
saya setuju dengan kak gebi, jd hanya menambahkan saja
Hapuscara mendesain obat baru yaitu menggunakan aplikasi kimia komputasi berupa HKSA (Hubungan Kuantitatif Struktur–Aktivitas) atau QSAR (Quantitative Structure–Activity Relationship). HKSA Merupakan metode untuk membuat suatu hubungan antara struktur dan aktifitas dari berbagai deskriptornya. Deskriptor-deskriptor Fisikokimia meliputi beberapa parameter termasuk hidrofobisitas atau lifopilisitas, topologi, elektronik dan sterik, yang dilakukan secara empirik atau yang lebih baru dengan metode komputasi. HKSA digunakan dalam pengukuran aktivitas bahan kimia dan pengujian biologis. HKSA sekarang diterapkan dalam berbagai disiplin ilmu dengan banyak menyinggung kedesain obat dan penilaian resiko lingkungan.
no 4. contoh farmakofor dari suatu obat dengan efeknya yaitu, pada morfin memiliki struktur benzena yang mengikat gugus N-CH3. Ikatan tersebut menimbulkan efek analgesik (menghilangkan rasa sakit tanpa menimbulkan hilangnya kesadaran)
BalasHapusassalamualaikum meily utk medesain obat baru menggunakan aplikasi seperti COMPUTER ASSISTED DRUG DESIGN (CADD) merupakan aplikasi komputer lebih terkini sebagai perangkat dalam proses desain obat. Aplikasi langsung dari CADD yakni mengoptimalkan kesesuaian ligan dengan suatu bagian aktif (site) pada reseptor,
BalasHapusNo.2 , cara menentukan asam basa lewis adalah dengan melihat ada tidakya PEB (Pasangan elektron bebas) pada suatu senyawa. Senyawa yang Asam adalah senyawa yang bertindak sebagai akseptor pasangan elektron bebas.
BalasHapussedangkan Basa adalah senyawa yang bertindak sebagai donor pasangan elektron bebas.
no 1
BalasHapusdari beberapa artikel yang saya baca cara mendesign obat baru adalah sebagai berikut:
1. modifikasi kimia suatu obat.
2. menentukan reseptor design obat.
3. ligan based design obat.
Jawaban nomor 2 yaitu
BalasHapusAsam Lewis didefinisikan sebagai spesi yang menerima pasangan elektron. Basa Lewis didefinisikan sebagai spesi yang memberikan pasangan elektron.
Sehingga H+ adalah asam Lewis, karena ia menerima pasangan elektron, sedangkan OH- dan NH3 adalah basa Lewis, karena keduanya adalah penyumbang pasangan elektron. Yang menarik dalam definisi asam Lewis adalah, terdapat senyawa yang tidak memiliki hidrogen dapat bertindak sebagai asam. Contoh, molekul BF3.
no 1
BalasHapuspengIdentifikasian farmakofor adalah sebagai berikut :
· Menentukan posisi 3D obat dengan target
· Mengetahui gugus penting dapat terikat dengan reseptor
· Untuk mengetahui konformasi aktif dari molekul
· Penting sebagai dasar merancang obat
· Penting dalam hal menemukan obat baru
no 1
BalasHapusMenurut Lien, untuk mencapai tujuan modifikasi molekul dapat dilakukan dengan cara sebagai berikut :
a. Meningkatkan absorpsi obat
b. Mengoptimalkan waktu distribusi obat
c. Modifikasi aktivitas intrinsik farmakologis
d. Memperkecil biodegradasi obat
e. Mengembangkan penerimaan obat.
berdasarkan literatur yang saya baca konformasi obat diketahui dengan mengetahu sisi aktif dr tujuan obat itu berikatan dengan reseptor, yaitu konformasi aktif yang pas
BalasHapusMenurut saya cara menentukan asam dan basa lewis sbb :
BalasHapusMenurut lewis :
Asam adalah suatu partikel yang dapat menerima pasangan elektron dari partikel lain untuk membentuk ikatan kovalen koordinasi (akseptor elektron)
Basa adalah suatu pertikel yang dapat memberikan pasangan elektron kepada partikel lain untuk membentuk ikatan kovalen koordinasi (donor elektron)
teori asam basa Lewis ini lebih luas lagi dari 2 teori asam basa sebelumnya, dapat digunakan walaupun zat-zat yang bersangkutan tidak dilarutkan dalam air maupun pelarut lain. Maksudnya, dalam bentuk padat, cair, maupun gas tetap teori asam basa ini dapat berlaku. Hal ini disebabkan oleh dasar dari teori ini adalah donor dan akseptor pasangan elektron. Jadi tinjauannya hanya pada
pasangan elektron ikatan itu milik siapa.
langkah langkah merancang obar yaitu:
BalasHapus1. Mencari senyawa penuntun (lead compound),
yaitu senyawa yang digunakan sebagai pangkal tolak modifikasi molekul. Senyawa penuntun adalah senyawa yang dapat menimbulkan aktivitas biologis, seperti aksi terapeutik, aksi toksik,regulasi fisiologis, hormon, dan feromon, serta senyawa yang terlibat atau berpengaruh terhadap proses biokimia dan patologi pada hewan atau tumbuh-tumbuhan.
2. Manipulasi molekul (modifikasi molekul atau modifikasi struktur),
yaitu mensintesis sejumlah turunan senyawa penuntun, melakukan identifikasi strukrtur dan menguji aktivitas biologisnya. Gugus atau substituen yang disubsitusikan dapat dipilih dengan menggunakan metode Topliss, metode pencarian Fibonacci, metode Rangkaian optimisasi simpleks atau Analisis klaster. Jumlah senyawayang disintesis tergantung dari metode yang digunakan.
3. Merumuskan hubungan kuantitatif sementara antara strktur-aktivitas biologis dari senyawa yang jumlahnya terbatas dengan menggunakan statistik analisis regresi.
Pada tahap ini umumnya digunakan model LFER Hansch (model ekstratermodinamik) atau model de novo Free-Wilson.
Parameter sifat kimia fisika yang digunakan dalam HKSA model Hansch adalah parameter lipofilik seperti log P, , f dan Rm, parameter elektronik, seperti pKa,π ∂, ∂i, ∂*, F, dan R, serta parameter sterik, seperti MR, (P), Es, L, dan B1-B5.
4. Hasil analisis regresi kemudian dievaluasi dan merancang sejenisnya untuk mengembangkan dan menyempurnakan hubungan tersebut. Peneliti harus sudah yakin bahwa senyawa sejenis yang akan disintesis merupakan pilihan ”terbaik” secra hipotesis.
5. Merancang penggunaan bentuk sediaan obat yang sesuai.
6. Merancang aturan dosis yang sesuai
7. Evaluasi Klinik
1. bagaimana cara mendesain obat baru?
BalasHapusJawab:
Medesain obat yg baru dpt dengan cara mengubah struktur senyawa hingga diperoleh struktur dengan efek pngobatan yg baik serta efek toksisitas yg minim
saya setuju dengan quichtylichta dengan mendesain obat baru kita akan mendapatkan efek terapi yang besar dan mengurangi efek samping yang kecil
Hapus